Hay varias versiones acerca de cuándo o cómo fue que al sitio se le adjudicó el nombre Piedra del Águila. Por un lado están quienes dicen que se debió a una formación rocosa que recordaba a la silueta de un águila. Otros dicen que en 1890 el Tercer Regimiento de Caballería denominó por primera vez así al lugar. Y también hay quienes aseguran que al llegar el general Villegas al mando de la Campaña de los Andes, observó un conjunto de riscos en el lugar, donde había una buitrera, y que fue él quien vio un águila parada allí y le disparó con su Remington. Piedra del Águila fue designada cabecera del sexto departamento del territorio del Neuquén al tiempo que el departamento fuera creado en enero de 1896. Un año más tarde, se designó al juez de paz (don Serafín Galán Deheza) y al comisario de policía (Sr. Alfredo Álvarez). La Comisión de Fomento de Piedra del Águila fue creada tiempo después, en 1932, e integrada por vecinos. Esta comisión estableció el pueblo en los campos de la empresa El Cóndor S.A. y en 1943 logró la propiedad definitiva de las quince manzanas del lugar. En 1898 Piedra del Águila se convirtió en una importante zona de retaguardia para los ejércitos que estaban en ese momento en la zona de Junín y San Martín de los Andes. El objetivo que perseguían era afianzar la soberanía de esas regiones tan recientemente integradas al estado argentino. Aún hoy pueden observarse, a 15 kilómetros del arroyo Pichi-Picun-Leufú, restos del fortín Nogueira, que estuvo emplazado allí y que debía su nombre a un oficial caído en combate contra los indígenas. Los restos de este fortín pueden verse hoy dentro de la estancia Fortín Nogueira. También, los restos del fortín Cabo Alarcón, que se encontraba cercano a la confluencia del arroyo Picún-Leufú con el río Limay, pueden observarse aún. La central hidroeléctrica Piedra del Águila (importantísima y destacada en la zona) fue construida en 1983, sobre el río Limay, a 25 kilómetros de Piedra del Águila, en el paraje Villa Rincón Chico.