Ubicada al centro-este de San Luis, en la región de la planicie meridional de la provincia y a 95 km de la capital provincial, Villa Mercedes es la ciudad cabecera del departamento de Pedernera.
Está emplazada a unos 550 m.s.n.m., junto a un fortín que fue establecido en el siglo XVIII, como avanzada de la civilización en la zona que dominaban los indígenas pampas.
Posee un aeropuerto a 9 km al sureste de la villa que recibe vuelos de cabotaje de las principales ciudades del país.
El clima de esta región es del tipo templado-cálido continental, con veranos ardientes que registran altas temperaturas –de 35º a 43º C en enero– y con inviernos moderados a fríos, alcanzando temperaturas de -12º C en julio.
En los alrededores de Villa Mercedes hay bosques semicerrados con arbustales, pajonales y pastizales, ideales para la cría, recría e invernada bovina, gracias a que presenta suelos con una estructuración moderada de textura franco-arenosa, ligeramente salinizados.
En la actualidad, Villa Mercedes, es el centro comercial que sigue en importancia a la capital provincial. Se caracteriza por su trazado edilicio moderno, con amplias calles arboladas, parques y paseos públicos.